Antik çağda başlayan geçmişiyle, Eski Yunan’dan Bizans İmparatorluğu’na, Bizans’tan Osmanlı’ya, tüm tarihi dönemlerde var olarak günümüze kadar gelmiştir.
Tarihte Kız Kulesi’nin üzerinde yer aldığı kayalıktan ilk kez M.Ö. 410’da söz edilir. Anlatılanlara göre; önceleri Asya sahillerinin bir çıkıntısı olan kara parçası zamanla sahilden kopmuş ve Kızkulesi’nin üzerinde bulunduğu adacık oluşur. Boğaz’a girip çıkan gemileri denetlemek amacıyla bu küçük ada üzerine bir kule inşa edilmesiyle, Kız Kulesi’nin miladi öyküsü başlar.
Roma Dönemi’nde düşman gemilerini Boğaz’a sokmamak adına kullanılan Kız Kulesi, Fatih Sultan Mehmet’in İstanbul’u fethinden sonra yıktırılır ve yerine taştan, içerisine toplar yerleştirilen küçük bir kalecik yapılır. Kule, Osmanlı döneminde savunma kalesi olmaktan çok, bir gösteri platformu olarak kullanılır. Çevresinin sığ olması sebebiyle 17. asırdan sonra kuleye bir de fener konulmasıyla kule, artık deniz feneri olarak hizmet vermeye başlar. Kuledeki toplar da bu dönemde artık korunma için değil, merasimlerde selamlama için atılır.
Ancak Osmanlı İmparatorluğu’nun çöküş devrine girmesi ile Kızkulesi, tekrar savunma kalesi olarak kullanılmaya başlar. Daha önce eğlenceler ve kutlamalar için yapılan top atışları, bu dönemde artık savunma amaçlı yapılır.
Kule, 1830’larda ise kolera salgınının şehre yayılmaması için karantina hastanesine dönüşür. Kız Kulesi’nde tesis edilen bu hastanede uygulanan karantina ile salgının yayılması önlenmiştir.
